Ковчег Завета служил зримым напоминанием о Завете между Всевышним и сынами Израиля, о присутствии Всевышнего среди еврейского народа. Ковчег Завета вызывал у народа благоговение, веру и надежду, в особенности в те времена, когда им угрожала война.

Внутри Ковчега находились исключительно Скрижали Завета — первые разбитые, и вторые — целые. Считается также, что в Ковчеге хранилось и непроизносимое Имя

Бога с другими Его эпитетами.

Рядом с Ковчегом хранился свиток Торы, написанный самим Моисеем (Втор.31:24-25). Также в Святая святых хранились сосуд с манной, расцветший жезл Аарона, елей помазания, а впоследствии также и золотые дары филистимлян.

Согласно Библии, во времена Исхода евреев из Египта Ковчег располагался в Святая святых Скинии собрания (походного храма), затем — в Святая святых Иерусалимского храма.

В Святая святых разрешалось входить одному первосвященнику и только раз в году, в День Искупления (Йом Киппур). Это место было овеяно Шехиной — присутствием Божьим. Никто без опасности для жизни не мог смотреть на Ковчег или прикасаться к нему. Тревожили Ковчег только тогда, когда сыны Израиля снимались со стоянки для путешествия. Священники предварительно снимали со столбов завесу — парохет, которой покрывали Ковчег, сверху клали второе покрывало из кожи тахаша и над ним третье покрывало из голубой ткани.

Ковчег Завета перемещался вместе с разобранной Скинией и устанавливался в Святая святых Скинии на стоянках. Переносился он левитами из семьи Кегата на плечах. Во время странствования Ковчег перемещался в центре израильского стана и над ним висело облако.

В книге Исход описаны детальные указания Господа Моисею о материалах для Ковчега и его конструкции:

«И пусть сделают ковчег из дерева ситтим: два локтя с половиною длина его и полтора локтя ширина, и полтора локтя высота его. И обложишь его чистым золотом; изнутри и снаружи покрой его; и сделаешь на верху его золотой венец кругом. (Исх.25:10-11)»

Судя по всему, Ковчег был сделан из древесины акации (дерево шиттим), наиболее распространённого в пустынной местности вокруг Красного моря. Он имел 2,5 локтя в длину и по 1,5 локтя в ширину и высоту (египетский малый локоть равен 44,4 см, размер ковчега 66,6х66,6х111 см).

По одной версии в Талмуде, Ковчег состоял из трёх ларцов (ковчегов). Внутренний, сделанный из золота, помещался внутри другого, деревянного ларца чуть большего размера. Второй ларец находился внутри самого большого — внешнего ковчега из золота, вмещавшего в себя деревянный ящик, включая и его деревянный край. Таким образом, Ковчег оказывался покрытым золотом изнутри и снаружи, как повелел Всевышний.

По другой версии, был только один деревянный ковчег, покрытый тонким слоем золота внутри и снаружи.

Верхний край внешнего золотого ларца был окантован декоративным золотым ободом, окружавшим Ковчег подобно венцу. По мнению некоторых учёных, Ковчег был снабжён также четырьмя ножками. Одни представляют себе их в виде выступающих подставок, другие — как ножки у комода, а третьи — как лапы животного.